《倾世皇妃》是一部充满宫廷斗争和爱情的古装剧。故事发生在五代十国时期，一个战乱连绵、杀戮成风的乱世。女主角马馥雅（林心如饰）是楚国公主，她是一个悬壶济世、妙手仁心的医者，因为她的仁德之心而引起北汉皇帝连城的关注。
在一次大殿上的凤舞九天表演中，馥雅引起了连城的赞赏，并要求与她结婚。然而，在这个瞬间，皇叔马义芳密谋造反，刺杀了父皇，导致国破家亡。馥雅立誓要复国报仇，但她作为一个没有武力的女子，要如何实现这个目标？
在无助之际，馥雅决定寻求曾经的未婚夫连城的帮助。她前往北汉，却遭到堂姐马湘云的迫害。湘云妒忌馥雅的一切，企图毁灭她所有的东西。最终，馥雅被推入万丈深渊，掉入江水中。
然而，馥雅侥幸生还，并被蜀国皇子孟祈佑（严屹宽饰）救下。为了帮助祈佑夺取皇位，馥雅化身潘玉，进入宫中打入太子党核心，并成功接近太子祈星。她与祈星成为好朋友，但其他后宫的女人对他们的关系感到不满，纷纷算计馥雅。
在后宫的争斗中，馥雅展现出聪明智慧，解决了许多危机和阴谋。然而，她发现自己无法抵挡后宫女人们的明争暗斗、拉拢和威胁。她面对着杜皇后和韩昭仪之间的明争暗斗，以及皇子们觊觎皇位的野心。
尽管后宫的人心冷漠无情，但在阴谋之中，馥雅与祈佑的心却逐渐靠近。他们相互扶持，在困难和危险面前不顾一切。他们在不知不觉中产生了情感，并决定共同编织一个属于他们两人的美好未来。
然而，他们的美梦难以实现。馥雅与祈佑的关系被袁夫人利用，最终导致了他们之间的误会和分离。祈佑回到蜀国后发现，朝廷已经发生了变化，他决心夺回皇位，但却不料遭到背叛。
在馥雅被迫留在北汉的时候，她面对着堂妹湘云的追杀，并陷入宫斗中。连城选择了保护馥雅，但这也引起了众人的反对。最终，馥雅失去了孩子和亲生母亲，并发现连城才是始作俑者。
《倾世皇妃》通过展现后宫斗争、爱情和复仇的故事，揭示了权力和欲望对人性的影响。馥雅在这个残酷的乱世中，努力寻找自己的真爱和复国的道路，并付出了巨大的代价。这部剧展现了女主角坚韧不拔的品质和对正义的追求，同时也揭示了人性的复杂性和欲望的毁灭性。
