《赛德克巴莱》(彩虹桥)讲述了一段真实的历史事件。故事发生在1895年，清政府将台*割让给日本，导致当地土着遭受了长达35年的压迫。塞德克族领袖莫那带领族人发起了雾山社事件，导致整个雾山的日本人被屠杀殆尽。然而，有一个漏网之鱼逃了出去，这引起了日军司令的愤怒。他派遣了4000名士兵和飞机大炮，向雾山进发，目的是消灭三百名塞德克人。
莫那没有留在雾山社，而是带着族人前往深山。在那里，只有他们才能自由行动，并逐渐削弱日军的力量。然而，狡猾的日本人封锁了整个山区，切断了赛德克人的物资供应。他们别无选择，只能离开部落，前往茂密的森林深处隐藏。他们收拾好行李，准备伏击日军。女性则留在原地。
孩子们问父母为什么要把食物留给男性。当他们看到女性的行动时，他们意识到不对，上前阻止，但被推开了。女性告诉孩子们，他们不再是孩子，而是真正的赛德克人。脸上的图腾是他们的骄傲，他们应该为荣耀而战。女性送走了有身孕的族人，因为她们不会被小日子惦记。
剩下的女性进入丛林深处，他们知道这是一场必死的战斗。为了杀死更多的敌人，他们愿意用自己的方式战斗。他们将布穿过树枝打结，在脚下垫上石头。女性安慰孩子不要哭，战斗很快就会结束。在角落里，这对夫妇相互拥抱。
他们做着最后的告别。男人喂了孩子一颗糖，紧紧捂住他的手，拿出刀，亲手砍破了妻子的喉咙，随后也选择了切腹。他的弟弟也上吊自杀了。整个莫那部落再也没有妇女和儿童。
然而，战斗仍在继续。日军紧追不舍，但只能被赛德克人玩弄。这是他们的主场，许多日军在这里丧生。
眼见无法攻克，小日子下令使用糜烂性毒气。随着飞机的投下，赛德克人纷纷倒下。他们开始呕吐，全身溃烂，无法忍受的族人选择了自尽。这个背着两个孩子的女人看了一眼被毒害的孩子，扔下了婴儿，但她也无法幸免于难。她选择了自杀，因为她没有生存的权利，只有选择死亡。剩下的赛德克人发起了进攻。他们拼命冲出火海，不是为了生存，而是为了死亡！赛德克人的荣耀在这里得到了延续。
赛德克人将武器精良的日军打得四处逃窜，继承赛德克人的孩子即使死亡也会拉上一个敌人垫背。他们抵达了桥上，两军相对而立于这座木桥。然而，敌人的大炮已被架起。达多，你该如何躲避这些大炮呢？如果我的文明要求我卑躬屈膝，那么就让你们见识一下野蛮人的骄傲。日军指挥官在樱花树下感慨道：装备精良的几千精锐士兵，为何无法战胜这区区300名野蛮人？为什么在台*这个遥远的地方，会出现日本消失百年的武士道精神呢？在丛林深处，只有幸存的赛德克人。他们看着飞舞的劝降书，却没有屈服。莫那前往心中的彩虹桥，其他的人选择不战而死，将自己留在了家园。他们最终在彩虹桥相聚，离开之前，他们放火烧了川中岛，以免被日方强制迁移到仅存的遗族中。
